Ein Teil der Gründerzentren arbeitet nicht kostendeckend, so dass die meist öffentlichen Träger Verluste ausgleichen müssen. Dies geschieht meist aus öffentlichen Haushalten. Weiter erhalten eine Reihe der Zentren Anschubfinanzierung in Form von Zuschüssen zu Investitionen. Diese öffentlichen Aufwendungen fließen erst zurück, wenn sich die geförderten Unternehmen am Markt etablieren können und die investierten Gelder durch positive volkswirtschaftliche Effekte - z. B. Einkommensteuern der Mitarbeiter, Gewerbesteuer, Körperschaftssteuer zurückgeführt werden.[4] Von Vertretern der Evolutionsökonomik wird darauf hingewiesen,[5] dass die am Erfolg möglichst vieler der von ihnen geförderten Start-ups interessierten Einrichtungen den Selektionsprozess durch den Markt nicht simulieren können. Jüngere Studien kommen gelegentlich zu der Einschätzung,[6] dass die Inkubation unabhängig von der Verweilzeit in den Technologiezentren nicht signifikant zum Überleben und Wachstums der inkubierten Unternehmen beigetragen hat.